Para su defensa frente a animales y para competir con las bacterias que habitan los mismos medios, los hongos sintetizan un gran número de sustancias químicas, como alcaloides tóxicos (responsables del envenenamiento al ingerir setas) y sustancias bactericidas o antibióticos, como la penicilina.
La clasificación se los hongos se realiza atendiendo a los mecanismos sexuales de formación de esporas. Se establecen así tres filos, conocidos como Zigomicetos, Ascomicetos y Basidiomicetos. Para los hongos que han perdido la reproducción sexual se crea un filo polifilético, el de los Deuteromicetes u hongos imperfectos. Por último, suelen clasificarse en un grupo aparte las asociaciones simbióticas con algas: los líquenes.
Existen pocos restos fósiles. Los más antiguos datan del periodo Devónico, y ya entonces estaban asociados a las plantas.
La importancia económica de los hongos es considerable, especialmente en lo referente a su relación con las plantas, colaborando en su nutrición mediante micorrizas, o causando muchas de sus principales enfermedades. Tienen importancia también las fermentaciones fúngicas en la elaboración de alimentos, como el pan o las bebidas alcohólicas. Estos organismos pueden causar graves pérdidas al consumir alimentos almacenados, dando lugar a su podredumbre en cuanto la humedad sea suficiente para su desarrollo. Por último, citar su importancia en la producción de medicamentos, sobre todo de antibióticos.