La mayoría de los hongos son habitantes del suelo. Su estructura celular parece adaptada a este ambiente y permite al micelio nutrirse en un medio donde concurren gases atmosféricos, agua, sedimento y materia orgánica que descomponen para su alimentación. También hay algunas formas dulceacuícolas y marinas, y numerosas formas de parásitos externos o internos de otros organismos pluricelulares, principalmente plantas. Además de formas saprófitas y parásitas, existen numerosas especies que obtienen su alimento por simbiosis con plantas y algas. La principal simbiosis con plantas la constituyen las micorrizas, en las que el hongo aporta sales minerales a la planta, y la planta, materia orgánica al hongo. Las simbiosis con algas forman estructuras fotosintéticas, capaces de adaptarse a ambientes aéreos extremos por su temperatura, poca humedad o falta de sustrato llamados líquenes.
La manera habitual de reproducción de los hongos es mediante esporas unicelulares. Las esporas pueden generarse por mecanismos sexuales o asexuales, y es frecuente la presencia en el mismo esporangio de ambos tipos de esporas. La reproducción sexual se realiza por conjugación de hifas de signo opuesto. En estas uniones, los núcleos no se fusionan. Las células que se produzcan a partir de esta conjugación, poseen dos núcleos haploides: uno del padre y otro de la madre. La fecundación, unión de estos núcleos, sólo tiene lugar al formarse los órganos productores de esporas . La unión de los núcleos da lugar a zigotos diploides, que rápidamente sufren meiosis para dar lugar a esporas haploides. Las esporas se propagan generalmente por vía aérea, dando lugar, en condiciones adecuadas, a nuevas hifas. Los hongos carecen de desarrollo embrionario, de modo que de la espora surge directamente una hifa con las características propias de la especie.